En el año 2012, el mundo llega a su fin a causa de un letal virus de origen humano, el cual aniquiló a casi toda la especie humana con la excepción de los niños menores de trece años. Al mismo tiempo, los vampiros emergieron de las profundidades de la tierra y se establecieron como la raza dominante. Estos ofrecen seguridad a los sobrevivientes a cambio de subsistir mutuamente ofreciéndose como ganado, es decir, donar sangre voluntariamente. Cuatro años después de estos sucesos, Yuichiro "Yu" Hyakuya y su amigo Mikaela planean escapar del dominio de los vampiros junto a los otros niños del Orfanato Hyakuya. Sin embargo, el plan termina en una masacre y todos ellos son asesinados, mientras que Mikaela se sacrificó con el fin de que Yuichiro escapase. Al escapar, Yuichiro es acogido por los miembros de la Compañía Demonio Lunar, una unidad de exterminio parte del Ejército Demoníaco Imperial Japonés. Otros cuatro años más tarde, Yuichiro se dedica a luchar contra los vampiros con sed de vengar a su amada familia.

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