Durante el período Sengoku, un medio demonio llamado InuYasha roba la Perla de Shikon con el objetivo de usarla para convertirse en un demonio completo. Sin embargo, su plan es frustrado por una sacerdotisa llamada Kikyo quien, utilizando sus últimas fuerzas, le dispara una flecha sagrada, clavándolo en el árbol sagrado (Goshinboku); dejándolo paralizado y dormido durante 50 años. Minutos después, la sacerdotisa al borde de morir, pide que su cuerpo sea quemado junto con la joya.

500 años más tarde, en el Japón actual, Kagome Higurashi, una adolescente de 15 años que vive en un templo sale de su casa hacia la escuela pero su gato desaparece junto a un pozo sagrado que forma parte del templo. Al buscarlo, un demonio ciempiés sale del interior del pozo rompiendo el sello y transporta a Kagome a la época feudal, 500 años atrás. Allí descubre que es la reencarnación de la sacerdotisa Kikyo y que la ansiada perla con la que ella fue incinerada estaba escondida en su cuerpo. La hermana menor de Kikyo le entrega la perla de Shikon a Kagome con el objetivo de custodiarla y seguir con su labor, no sin que antes Kagome libere a Inuyasha de su sello en el árbol para acabar con el demonio ciempiés.

Lamentablemente, en un incidente provocado por un demonio cuervo la joya es destruida en miles de fragmentos que se dispersan por toda la región. Debido a esto, InuYasha y Kagome tienen la misión de recuperar dichos fragmentos antes de que otros demonios los empleen para sumir al mundo en el caos.

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